在北の峡，魔王道出了自己的生事。其实在魔法世界被誉为三圣人的贤、时、理，为了阻止女王一意孤行激怒了藏身于魔神器中的ラゥォス，被流放到时空各处成了现代的武器商ボッシォ、时间尽头的时间老人ハッシェ和未来制造时空之翼的发明者ガッシェ。而少年的魔王即サラ的弟弟ジャキ因无意中撞见了这件事，也被它无情的传送到了中世纪。年少的少ジャキ因有巨大的魔法力量，而被绿皮的ビネガ-利用成为了魔王。在上次被布劳诺击败之后，为了找在幕后操纵他的ラゥオス复仇，所以扮成女王臣下，希望有朝一日能得偿所愿，可惜功败垂成。听了魔王一番悲亢的诉说，可自行决定让他加入队伍或由弗哥与之单挑。这时被女王称为永不落的空中要塞一一黑之梦浮出了海面，从此巨大的阴影笼罩在上空。
布劳偌的复活
在时空老人那打听到布劳诺复活的方法，并取得了必需的时の卵，而另一样必需品ドッパルの人形即布劳诺的模型要在现代的リ-ネ广场取得。来到广场东面的小屋，见到前面提起过的那位大叔。而这位由未来2300年来的特别喜欢节日的大叔，却提出要足够的奖券参加他的游戏并要胜出才肯给模型，这不是落井下石吗!设法子只好多挣些奖券来(在卡拉0K机器猫处最容易赚取)参加游戏，规则是模仿人形作的动作，全部模仿正确后，可到布劳诺的家里取得模型。
带着模型回到2300年，在监视者ド-ムの得到帮助进入死の山。遇见プチラゲォス时，要攻击它的头部才有效，胜了之后可将它的完移到山崖下，爬上原本够不着的阶梯。在山顶利用时の卵回到布劳诺被害的那一刻，用模型换下他的真身，从而救回了布劳诺。
至此所有的主线剧情结束，接下来的目标，当然就是打倒罪恶的根源ラゥオス，但以现在的水平还是远远不行的。所以可进入各人的分支情节借此可提升等级，并得到各自的最强装备。这种剧情设定在
SQUARE作品系列中曾多次出现，保持了他的一贯的风格。
露卡 于 BC．12000残 きわた村の广场上的人对话，让他们种树。回到中世纪，发现南大陆有一片沙漠化的荒地。于地底沙漠遇见
B00Sメルフイック，其物理防御力夸张的高且完全防御魔法攻击。对付它要先使用一招水或冰属性魔法，虽没有攻击效果，但可大大降低其物理防御力。随攻击次数增加，它的物理防御会恢复，要再次如前法泡制，几个来回将其解决。回到地面，在フイオナの小屋护林人会请机器人帮着耕地种树。来到1000年的现代，原本的荒地已是一片森林了。在教堂修好被贡为神的机器人，伙伴们再次相聚。
夜晚，露卡从时空之门回到了十年前。眼见母亲要被机器夹伤，必须在机器闪光处快速输入 L、 ○、 L、 ○，方可将她救下。
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