领命而去的主角先来到了通天之道，并在风之回廊中遇见了黑耀骑土，但他并没有对主角出手，反而走开了。当主角们打败了人面鸟ツェンヵ-后得到了风之精灵ツン的力量。再来到梦之花园使用风之精灵，随风而主的花粉迷倒了ナバ-ル军。大家来到了ロ-テント城，打败了ツェノァ与两名忍者ビルベン后夺回了风之王国。
在渔港，主角们不慎登上了幽灵船。在书架上顺序调查“血之书、死之书、咒之书、死之书”开启了一个秘室，在桌上有一本航海日志，打开一看，上面写满了“死”字，打开日志的人立刻被诅咒，无法动弹。余下的两人来到甲板上，打败了幽灵ゴ一ウア，解除了同伴所受的诅咒并得到了暗之精灵ツェイド的力量。但由出于幽灵波打败，船也解体了，三人被水冲到了火山岛ブツヵ上。在岛上的ダ-クブリ-スト村稍稍休息一下之后，来到岸边的洞窟，对着一块大石使用土之精灵，开启了洞窟的入口。在洞窟中遇见了斜眼伯爵（毫克艾开场中出现的神秘男人），他引发了火山爆发之后就消失了。在这生死关头，洞窟内的水潭中出现了－只巨大的海龟，乘坐它三人逃离火山岛，回到了自由都市。
利用大炮又来到草原王国，英雄王告诉主角三人余下四个精灵分别在冰壁迷宫、火炎之谷、月读之塔与ランブ花之森林，并送给主角ぴ-ひャゥ之笛。在沙滩上使用此笛可呼叫海龟ブ-スヵブ。乘海龟来到雪之都ェルランド，在雪之都外的零下雪原又一次遇见了黑耀骑士，他留下了三个机器人マッンゴ-レムS又消失了。取胜后，众人进入冰壁迷宫，找到了水之精灵ゥンディ-ネ。乘坐海龟来到沙之都サルタン，经过灼热的沙漠到达ォァツスの都ディ-ン。
再来到灼热的沙漠，在火炎之谷的人口遇见ィザベラ与两名忍者挟持着ヅェツヵ，ィザベラ会告诉主角，她就是美兽，接着将ヅェツヵ带入了火炎之谷。打败了再次登场的两名忍者之后，主角们也追进火炎之谷，吓走了美兽救出ヅェツヵ，接着得到了火之精灵サラマング-的力量。将ヅエッヵ送到デイ-ン静养，之后主角便接着去寻找余下的两名精灵。
乘龟来到月明かりの都ミントス，穿过月夜森林来到了月读之塔，塔前死食男正在吸含食人魂，正欲上前杀之，突然兽人ルガ-出现。死食男乘机逃走。击败兽人后，月之精灵ルナ出现，再搭乘海龟来到花之森林，森林南方是一个迷宫，在晚上，沿着发红光的花所显示的道路，众人来到了花园之国デイォ-ル，见到了妖精王。他会告诉主角在森林中女神像前用月之精灵会出现新的道路，在新的道路的尽头是妖花ギルダ-バィン，将它打倒后木之精灵ドリア-ド也被找到了。
找齐八种精灵后，众人来到了忘却岛，在岛上，フェァリ-借助八位精灵的力量打开了圣域之门，圣域出现在天宫中。这时魔法女王乘飞船，兽人们乘巨鸟，ナバ-ル王乘气球分别在红莲魔法师、死食男与美兽的带领下飞进了圣域。没有飞船的主角们决定去找传说中的白龙。在风之王国的门前与女兵对话，她会指引主角去天之顶的道路，在天之顶见到了白龙フラミ-骑上它众人也来到了圣域。发现敌人们已拼得三败俱伤，大家飞速赶到了マナ树下，主角上前拔出了插在树上圣剑（マナ之剑），并得到了呼唤白龙用的风之太鼓，这时主角突然发现了フェァリ-被绑架了，于是众人便又冲出圣域去救フェァリ-。
到此为止，大家共同的路线便结束了，由于所选用主角的不同，以下情节也分成三种：
A、迪兰或安吉拉：来到魔法王国救フェァリ-；
B、凯文或夏洛特：来到兽王城
C、豪克艾或莉丝：来到沙之要塞救フェァリ-；
卑鄙的红莲魔法师（或死食男或美兽）以フェァリ-的生命要挟主角交出マナ之剑。敌人用マナ之剑释放了封在七块マナ之石中的七头神兽，世界又告危急。
终于，宝石之谷土之神兽ランドァンバ-，光的古代遗迹的光之神兽ラントグィザ-，，冰壁迷宫的冰之神兽フィ-グムンド，月读之塔的月之神兽ドラン，火炎之谷的火之神兽ザン·ビェ，ワンダ-树海的木之神兽ミスボ-ム，风之回廊的风之神兽ダンガ-ト被主角们一一击败，然而最后的暗之神兽在哪里呢？
