莉丝在城外打败怪物后回到地中，见过父王后便四处找寻弟弟。而这时ェリォツト却被ナバ-ル盗贼团的两名忍者所骗，将他们带到地下室去了。等莉丝赶到时ェリォツト已在他们的哄骗下使凤停止了，接着两名忍者掳走了ェリォツト，同时ナバ-ル军开始烧杀掠夺这座城市。莉丝杀出重围，回到王宫，见到父亲。国王嘱托她一定要找回弟弟，说完便死去了。城外，敌人的女将军イザベラ正指挥手下继续作恶。
逃出的莉丝感受着再度吹起的风，想起父亲曾说过的：迷惘时去见圣都的光之祭司。她用母亲的发带系紧了头发，带着一定要找到弟弟的决心，乘船来到了城塞都市ジャド。
各人的介绍与开局已经完了，下面是大家共同的的情节了。
到达城塞都市的主角发现兽人族已占领并封锁了这座城市，所以白天出城是不可能的。来到驿站中睡到半夜，起身溜出城。一出城后穿过于ラビ森林来到湖畔之村ァストりァ（夏洛特的情节从这里开始），听到神秘之的传闻。在驿站休息，半夜果然有神秘的光球出现。追寻着光球来到ラビ森林，光球中飞出了一个小精灵フェァリ-，她会请你带她去见光之祭司，当主角与她回到湖畔之村时却发现这里已被兽人兵们烧毁了。
主角来到瀑布洞窟口，利用小精灵时力量解开了结界，穿过洞窟后来到圣都，在光之神殿中见到了光之祭司，他会为主角解决烦恼，并让主角先找齐光、暗、风、土、水、火、木、月八个精灵，然后借助精灵的力量到达マナ圣城，拔取マナ之剑，使世界重观和平。然后又告诉你光之精灵就在瀑布之洞窟。于是回到洞窟，在一处断崖处
利用フェァリ-飞到对面，在洞窟深处打败了一只类似大螃蟹的怪物，找到光之精灵ゥィスプ。
在断崖处，主角被兽人袭击，落下瀑布。等主角清醒后，发现已被投进了城塞都市的监狱中。主角们（这时的主角应已找齐另外两名伙伴了）进行了一次漂亮的越狱。逃出后，三个人来到港口，乘船到达了自由都市マィァ。
在自由都市主角们听到关于英雄王的消息，大家便决定先去草原王国看看。出了自由都市沿着黄金街道来到大地の裂目（大地裂开之目），在吊桥上遇见了准备袭击草原王国的ルテナ军，打败他们的两个机器人マシンゴ—レムR。然而机器人居然自爆，炸毁了吊桥。前方无路，只好返回自由都市，在这里见到了炼金术ボン·ボャジ，他说他已研究成功了新的交通工具——大炮！？现在只缺火药。半信半疑的主角们又回到大地之目，在女神像前使用光之精灵，晴道出现了。沿暗道来到了ドヮ-ワ村，在道具屋听说ワツツ有火药，而他主了ドヮ-フのトンネル，随之前往，在地穴的尽头打倒一头刺猬样的怪兽ジュェルィ-タ-，找到了土之精灵ノ-ム，随后ワツツ感谢主角们，除去了怪兽，把火药交了出来。回到自由都市，把火药再交给炼金术士，大炮完成了！
主角们钻进大炮，被轰上天空然后摔落在于もルベァ高原上，穿过高原来到了草原之国。这时红莲魔法师正率领ァルテナ兵在攻打フォルセナ城，就在他准备对英雄王下子的时候，主角赶到，吓走了红莲魔法师。晋见完英雄王后，主角在宫庭中发现一名很眼熟的男人，那人自我介绍说是炼会术士ボン·ボャジ的弟第ボン·ジュ-ル，也在制造大炮，出城来到镇上与人对话后再回到宫庭，这时大炮己造好，坐上大炮又飞回了自由都市。
通过黄金街道往南走，到达了商业都市バィゼル由这里乘船来到了渔港バロ，经天かけろ道（通天之道）来到眠りの花园（梦之花园），被花香迷倒，醒来后发现身处风之王国的秘密基地中。为了帮助风之王国的人们从盗贼团手中夺回风之王国，主角决定替他们去找贤者ドン·ペリ，在这里乘ボン·ソヮ-ル的大炮飞回商业都市，并在晚上进入大市场内购买可以使人放大缩小的道具ちひニハンマ-（锤子），再坐船到城塞都市，在ラビ森林中调查邪神发现 一条通路，然后使用锤子将众人变矮，进入コロボツクル村，见到了贤者。贤者制订了夺回风之王国的计划。
