大和丸来到日光村（富山村之东），经打听得知所需的青色宝珠是村长的家宝。见到长老，他正为村子每年给妖怪上贡而忧愁，今年的贡品是村长村的女儿。村长得知众人的来意，竟提出让夏芽替代他女儿做贡品，夏芽答应了。フタラ山顶，夏芽作为贡物一人留下，大和丸和十太郎埋伏在附近。突然天暗了下来，猿神出现，三人将猿神打倒。
猿神还欲垂死挣扎，远处飞来一物将其杀死。原来是位旅行客援手，他看众人无事便想离开，夏芽叫住他认出是自已的兄长冬夜。冬夜得知此事来由，怒气冲冲去找村长打架，三人追到村长家劝阻趁机叫村长交出了青色宝珠。回到八束山，冬夜解开了洞口的封咒，在地下打倒了三只毒虫。下一个目标是高千穗的灵穴。西行在码头乘船到九州，顺海岸南行到高千穗先记录一下，往北东行，找到一处大瀑布，景色美不胜收，击败水蛇怪进入水下，封印了灵穴得到宝刀三日月。在瀑布前，宝刀三日月告诉众人下次要去的场所。大和丸在高千穗南面的村落，做好事可得到法术。
回大陆，来到户来村（大陆极东面）附近的十和利山，却无法进入。回户来村得知一老妇人手中有四块石板可开秘道，但必须拿东西交换。无奈来到十和山西边的大森林中在地上找到四颗大葫芦状的草药，回见老妇人，得石板打开山之秘层。密宫共有六层，途中有两处可记录进度及恢复体力，在深处地上有三个石柱成三角形处取得宝刀“童子切”。封住灵穴后，群妖追赶，大和丸四人寡不敌众来到山洞外用御灵石封住秘口，夏芽体力不支昏了过去。回村住下，早晨听到户外人声嘈杂，原来是一家人送男人远行，从他们那里得知四国剑山有灵穴出现。
在罔山村见到摆渡人，渡海来到别府村见到历史名人坂本龙马，向下来到山城村。一进村，几个少女谈论剑山的财宝，见有生人便跑开了。村中遇见一个叫ひふみ的女人说她的恋人可帮助大和丸去剑山现在却被抓了起来。大和丸答应救人来到左方大屋（原有两武士阻止进入的地方），门口空无一人冬夜建议从后门近入。在大屋后右上角紧接的小屋找到入口，进入地牢，见到武士伊藏及爪牙拷问被捕男人ゆぅま。大和丸打倒侍卫又将伊藏锁进牢房，救出了男人ゆぅま。回见女人ひふみ，原来她是一只猫精所变，男人ゆぅま。说出了寻找剑山入口的秘诀，必须在山四周的五个寺庙拿五件宝物放在山上五根石柱方行。大和丸依次拿到秘宝の指轮（1）、秘宝の本（2）、秘宝のカキ（3）、秘宝の水晶（4）、秘宝のつぼ（5）。在山顶按十二点、九点、七点、五点、三点分别放置（4）、（5）、（1）、（2）、（3），开启通道。在山中灵穴，宝刀“鬼丸”被冰封住。冬夜、夏芽合力封住灵穴。突然有******抛来，原来是伊藏捣的鬼。打跑伊藏从赶来的土方口中的知京都有急事。
大和丸回京都新撰组与将军会合，一起来到飞鸟灵穴（京之南）。在石舞台读过石上文字迷后，调查后面一排神态各异的石像，即左第六个、右第四个、右第二个、右第三个发出咔咔之声，进入地下飞鸟之穴。伊藏也闻赶来，一片混乱。在灵穴前大和丸等人得到蕴藏巨大力量的法术——“转身”可使攻击力、防御力增高。
一路北上来到大陆极北的海岸之村，找到船夫却无船可乘。依村人所说南行龙之森林，在尽头空地有一株参天神木，大和丸打败了固执的木灵，怒气未消想烧毁森林。夏芽及时劝他打消了这个念头，木灵连忙同意供应木材，并替大和丸做了木筏。回村见过船夫，将木筏放在海边，人鱼出现拉木筏渡海。
（第一部完）
第二部 异国他乡
在函馆村的旅馆，大和丸遇到一个异族人ソツシェ利修及手下ティソバ添巴。大和丸上前帮助添巴搬货，他表示谢意。转天人去馆空，大和丸向馆中一女子询问（问两次），她竟然听得懂异国人的语言。
在村外右方温泉处，大和丸依村人所说泡进水中，恢复了连日来的疲劳。听到有人来躲起，见利修等人来，并枪杀了带路村人。大和丸不小心弄出了声响，便跳出与利修对峙。可惜却让利修跑了，添巴留了下来，众人与他交谈，添巴希望大和丸能送他回故乡，但现在问题是找灵穴。在函馆村记录石像旁左有一男子两次交谈后，他说从村北东行，有一山间住有吃人妖怪。来到北东洞穴，将军及冲田、土方等人皆在。在洞中打败怪兽，它身下出现一洞，灵穴在里面，在一处泉前调查跳入，回见将军，正好听到了不该听的秘密，原来将军是这件事的幕后者。大和丸和将军等人大打出手，冲田趁乱与大和丸低语，大和丸假装逃跑离去。在途中添巴告诉大和丸关于故乡
