元治元年，京城附近的专管降魔除怪的新撰组，针对近来妖怪猛增的情况，头目近藤决定重新组建吸收新队员，命名为“影之新撰组”。原组织内高手十郎太受命踏上寻找人才的道路......饭田町，狩猎归来的大和丸在村口与太郎分手回家，其母叫大和丸在自家取出文箱（大屋下方），内装大和丸亡父遗物宝刀。太郎此时跑来说有孩被妖怪抓走。大和丸来到町外西北方向的丸山，在洞中打倒妖怪救出人质。回村众人相见正高兴时，妖怪赶来趁乱打倒大和丸，一个独行侠客击杀妖怪后自称壬生十郎太并与大和丸约定富山村见。夜里，辗转反侧的大和丸向母亲倾诉了这些遭遇并得知亡父也是降魔高手，心里感觉自己天生就为这种使命所驱使。早上，从爷爷手中得到宝物，从喜助手中得到草药，在道具屋上方又找到一个同伴，便辞别亲友上路了。
1 操作指令：
A键：执行 X键：调出状态表
B键：取消 Y键：地图及所在位置 SELECT键：过关提示
状态表中：按Y键可查看及更换同伴，后期可赠加乘船所在等级与装备。
按START键，进行几项设定更改。后期可选择人物行进战斗状态下是否变身。（L，R左右移动人物，A键变身。）
第一部 修行
北行富士山，找到十郎太并随其来到东面怪物聚集的皆神山，一场激战后，十郎太十分满意大和丸的武艺及人品。于是二人来到京都（西南方面），见到新撰组的各成员冲田、近藤、士方等人，并接受了考验。玩到此处，玩友必须逐项完成屋中各队员所提任务：源三郎，来到京都内西南方角的桥上，有一女子来请求大和丸等人送她回家，答是现出妖身，原来是水下的落水怨灵；左之助，京之神社（北面）火光中出现魔兽マェ，法术对它没有用；藤堂，在道具屋屋右上方角落找到茶碗小僧；新八，在组织大屋右边屋中从小孩身上赶走附身灵；斋藤，京之寺（东北方角）灭魔鼠；冲田，这个任务最难，在京都中遛一圈，在组织大屋右边桥前有四棵柳树，在圈成的四方形对角线中站立等亡灵出现。
任务完成的非常成功，与此同时，大将军岛津身怀野心擅自开启了封印已久的灵穴，使妖怪横行于日本大陆。将军不得以求助于影之新撰组。大和丸接任务后首先前往出云村（京都西北处）寻找掌握灵穴秘密的才神一族。出云村一片废墟，在中间发现了床下密道，进入找到女孩夏芽，她是才神家灭家惨案的生还者。夏芽带大和丸二人来到才神家世代守护的圣地——八束山（村之南方），洞口有封印，只有夏芽之兄冬夜可开，但他远行未归。下山时，新撰组队员赶来告知富山村附近太岩妖魔丛生，由于其处与家乡饭田町极近大和丸担心母亲安危。三人急忙赶回去，确认母亲无事后，又来到富山村，见到太石神社的神主说神社被霸占。出村往东来到太石神社一个神秘的声音响起，按提示在后面一排树左起第二棵前调查，地面出现洞口。那个声音指挥三人来到地下灵穴，灵穴闪出巨大光辉，声音说：灵穴暴走造成树木枯黄，动物灭迹。一片蓝光中石之神出现，被大和丸三人击败得到御灵石，声音又叫夏芽上前拜咒，封印了灵穴，但奇怪的是它又暴走他处。
大和丸追踪来到日光村，一个老妇人寻求帮助。大和丸护送她来到江户，在此收了一个大相扑士作同伴。继续朝北东方向走，在宝珠山顶寺庙中拜访了僧侣，询问进山方法，他要求大和丸去ひぇぃ山取到圣火，才可送给仓库钥匙开启左手的密道。众人来到京北面的ひぇぃ山顶取到圣火回宝珠山换到カギ，开启了仓库门（仓库里有两处秘道可找到宝物，墙上有裂纹记号），读了洞口的封条，进入找到灵穴封印后出现了名刀“大典太”，从刀上感应到先辈灭怪师北斗丸战斗的情景。出洞后又得到消息六甲村妖怪横行。六甲村在京都西北方，十郎太家父一郎太在此开道场。在十郎太家住下后，夜里夏芽和大和丸闲聊，一郎太带着一个女人进来，两人大吃一惊，原来这个女人便是十太郎，她一直女扮男装。第二天，道场的三个弟子也加入队伍，向村南妖怪横行的荒地行来，奇怪的声音又出现指引众人跑步踏上地上有符号的地方，到了一个巨石挡住的洞口，宝刀大典太劈开了巨石，封印住灵穴又见到一柄刀，其状极似大典太，正惊愕之间，被打败的妖怪叫来了同伴，新出现的宝刀将妖怪击退。宝刀大典太与新宝刀交谈起来，这刀名叫“数珠丸”，还有几把宝刀长眠地下，镇住各地灵穴。
