一天早晨，托鲁斯村的少年克罗诺被母亲叫醒，母亲告诉他今天是嘉鲁帝亚王国建国一千年庆祝日，王国为此举行了盛大的千年祭；而且他的好友露卡也将在会场公布一项新发明。克罗诺于是领了200元钱去参加千年庆典。出了家门，千年祭会场在村东北，但最好先去村长家了解一下本游戏的基本指令或去西北的嘉鲁帝亚森林去熟悉一下战斗。
会场果然很热闹，有各种游戏诸如赛跑赌博，喝酒比赛等，赢了能得筹码。
在会场中心，克罗诺与一位少女相撞，少女的一串项链丢失了，在右上方找到项链后还给少女，她十分高兴，告诉克罗诺自己叫玛尔，并想一起玩。在会场中听说公主不见了。两人来到上方，却被人拦住，说露卡正在里面调试机器，要一会儿再开放。这时到会场外围与喷泉旁的一人谈了一下露卡的发明就可以去参观了，可是玛尔……真麻烦！
刚到参观的空地，就听见露卡的父亲塔班正在介绍这个发明——“超次元物质传送机一号”。在露卡的邀请和玛尔的怂恿下克罗诺进了左筒，正象介绍的那样，克罗诺被传送到了右筒。顽皮的玛尔忍不住也想一试，机器开动了，突然，玛尔的项链开始发光，出现了一个时空门，玛尔被吸了进去，大家都惊呆了，露卡和塔班也不明白出了什么事。这时克罗诺到左筒捡起玛尔留下的项链并走了进去，说道：“无论如何，我不会丢下她不管，我要去找她。”深知克罗诺性格的露卡发动了机器，临别时她喊道：“在我研究出原因之后会追上你的”。
经过一段光怪陆离的空间，克罗诺出现在一座景色迷人的山上，这有些小魔族，很好对付。下了山，这里是多么眼熟啊！到村里一问，才明白自己竟到了公元600年(王国建国就是公元零年)。无论如何，快去找玛尔吧。克罗诺通过嘉鲁帝亚森林，来到了王城，但卫兵却不让进，幸而王妃召见了他。进了城，见过了国王和大臣(怎么大臣那么可疑？不管他，去找王妃吧)。上右楼梯到了王妃的房间，王妃屏退左右，“你终于来了啊，克罗诺！”
“？！”
“……是我呀，我是玛尔。(原来王妃竟是玛尔！)我在山上被人发现后，他们说我是失踪的王妃，并把我带到了这里……怎、怎么回事？心脏好象要裂开……，帮帮我克……克罗……”说着，玛尔化作一道白光消失了。惊惶失措的克罗诺向楼下跑去，在楼梯口被叫住，原来是露卡，她找到了转送机的问题，并通过时空门追了过来。听了克罗诺的话，露卡想了一会儿说：“我明白了，玛尔一定是王国的玛尔帝亚公主，也就是这个时代王妃的后代，而现在王妃的生命受威胁，如果王妃死了，那么玛尔帝亚公主也不存在了，所以当务之急是去救王妃。”为了找到王妃，两人在村子的旅馆中偶遇冒险家托马，照他说的到了西边的修道院。修道院中一片祥和，但两人在讲台前发现了一个发光物，“这是什么？”克罗诺道。“这……这不是嘉鲁帝亚王家的纹章吗？”露卡惊道。
这时，修女们围了上来，突然，她们都变成了妖怪！战斗开始了。胜利后，还有一个没断气，这时一名青蛙剑客出现打倒了妖怪。青蛙自称是王妃的卫士，并加入了队伍。奏响左上角的管风琴，秘门打开了，大家这才发现修道院是妖魔们的总部！开始战斗吧！在右边里面的房间(就是妖怪们冒充国王和王妃的那间)右有一间密室；还有就是风琴开秘门，骷髅标志开钉板机关。
终于面对头领了，敌人是妖魔亚库拉，就是它冒充大臣抓走了王妃。可以让克罗诺和青蛙用二人技“交叉斩”攻击，露卡用道具回复。恶战后，亚库拉消失了，王妃和真的大臣都得救了。回到王城，国王和王妃谢过克罗诺三人，青蛙见王妃平安便告辞了。再来到王妃的房间，两人惊喜地发现：玛尔又出现了！由于知道了玛尔的真实身份，大家决定回到现代。
来到山上克罗诺刚出现的地方，只见一个发光的小洞，玛尔问道：“我们从这儿回去吗？”
