回港町见カスタギア博士得到他新发明的机器，向东行至沙漠，机器使风沙消失，来到アヴドルの町在研究所ロロ解读了ラゴウ石上的文字。众人商议去火山，这时可出町顺左方峡谷步行到火山，发现ソロン倒在地上，原来卢克曾来过，乘右方房中切换点途经废城，在废城右边的古代遗迹，见到卢克将其打败终于夺回了身体。
回废城切换ジグムンド冰山，八虫类族的鲁多拉告知巨人族的ラゴゥ石必须得到。在旁边的洞中有一贴告示的入口，进去再出来可到冰山顶得圣剑アスン一ド。切换至言灵山向佐拉借小舟来到クリュ一ヌ城，索古回忆了以前不愉快的事。在巨人之塔打败了巨人族鲁多拉，从塔顶拿到了巨石样本，ロロ破译成文字。回冰山得知必须全部拥有五块ラゴゥ石，另两种在魔导博物馆和水栖族之町可找到。回火山，穿过峡谷回沙漠遗迹，ロロ开启ダナン之扉进入宝物库，遇见丹恩说服他用方舟潜入了海底の町ライラ。
在长老家得知海底神殿的方位，乘方舟前往打败了水栖族鲁多拉。丹恩与众人告辞，众人又来到地下魔导博物馆得到人间族的ラゴゥ石。在馆外乘右边的魔镜来到ガフ之间，从ゴモラ嘴中得知整个事件的来龙去脉。回火山后切换点封闭。
回港町向カスタギア博士打听了トゥ―ラ遗迹的处所，乘定期船去ォムバロス町，步行北上デルフィ山，在山顶遗迹见到了缪黑博士与预言师ソロン化身的双头鸟怪。进入遗迹沙尼朵向各个种族的魔兽挑战，当打倒最后一个人间族的武士后他会留下剑和盾。从他身后的通道来到冥界，在地府の町タラ―ク先休整一番，在酒吧见到缪黑博士交谈后其离去向又意外遇见了西昂四人。北上来到冥界入口见到ハゥゼン但四人最终战败，ハゥゼン附在沙尼朵身上与魔兽合体，等待阿昂的到来……
丽莎之章
命运之门已经开启，漫长痛苦的旅程开始了…….
出生时额上就有宝石依附的少女丽莎（リザ）为了寻找母亲，从祖父口中得知了预言书的内容，自己是人类命运中注定的救世主，母亲也为同一原因云游四海。丽莎从故乡カ一ン町出发，途经レムの森，救出反叛军的队长伽来路（ガ一ライル），这之前在回答追兵问话时，如选择“没看见”或“看见，在左边”能得到一把钥匙（十分有用）。两人来到人工岛バベル都市，这是一个唯一空气净化的都市，但居住者必须交付高额的税金，苦不堪言。伽来路安排丽莎在宿屋住下，丽莎受约来到町东的反叛军基地，答对暗语才可进入，暗语分别是“光の中，ぉとる者"、“暗の底，もばぇる者”、 “青て命，まもる者”。在基地丽莎的额上宝石放出光芒，人们都惊呼救世主出现了！回宿屋，伽来路早已等待，诚心请丽莎出手解放人工岛。
休息一夜后，丽莎与伽来路从市长大厦右边民屋屋顶滑入大厦。作战计划成功后，放出了净化空气装置中的蝴蝶，继续净化整个星球。而此时丽莎的身后出现了一个影子，唤她为救世主，并告诫人类离灭亡之日只有十四天了。心急如焚的丽莎赶回故 乡。祖父说去南大陆会有母亲的下落。回人工岛，丽莎与伽来路乘船来到ォリァフの町，在候船窒碰见了缪黑博士。问起母亲的事，他说去问クリュ一ヌ城国王吧!
在町外穿行树海途中救出八虫类族王子皮皮（ピピン），在北面尽头的ホルンのほてゃ寺庙中读“言灵经典”，其后有言灵师出现暗示去精神圣域西大陆。丽莎从寺庙出来又帮助 皮皮去龙神遗迹打败了魔兽火燕光。
三人乘定期船直往西大陆，中途在ォムバロス转船。在ダヌルフ镇上陆，故事情节有两种发展，一种是上陆后出镇再进镇可有情节出现；一种是在武人之塔观看西昂的第三次决战，在塔中会遇见盗贼丹恩。然后去町东边的小教会，在此观看女神像时，会有牧师上前自我介绍，并让丽莎去找西のヴアドの町的ダグ帮忙。
